Es gibt viele verschiedene Möglichkeiten, Bioethanol zu produzieren. Das JRC, Forschungszentrum der EU, untersuchte 2006 in der Concawe-Studie die Kohlendioxid- und Energiebilanz verschiedener Produktionspfade „Well-to-Wheel“, also incl. Vorketten. Danach werden, je nach Herstellungsverfahren, mit Bioethanol zwischen 70 % weniger und 15 % mehr CO2 emittiert im Vergleich zu fossilem Benzin. Die Biokraftstoff-Nachhaltigkeitsverordnung schreibt vor, dass die genutzte Biokomponente zu mindestens 35% weniger CO2-Ausstoß führen muss gegenüber fossilem Benzin (50 % im Jahr 2017 und 60 % ab 2018). Die JRC-Studie zeigt auch, dass Bioethanol auch hinsichtlich der fossilen Energiebilanz Vorteile aufweist.
Neben Regelungen zur Treibhausgasminderung macht die Nachhaltigkeitsverordnung auch Vorgaben zum Schutz natürlicher Lebensräume und zur nachhaltigen landwirtschaftliche Bewirtschaftung. Sie schützt z.B. Flächen mit einem hohen Wert für die biologische Vielfalt (z.B. Regenwald), Flächen mit hohem Kohlenstoffbestand und Torfmoore.
Der ADAC erwartet die Einhaltung der deutschen und europäischen Nachhaltigkeitsverordnungen durch die Biokraftstoffproduzenten sowie, falls sich Bedarf für Nachbesserungen herausstellt, die wirksame Ausgestaltung der Regelungen. Pauschale und unspezifische Kritik an Biokraftstoffen und Bioethanolproduktion ist nicht stichhaltig, stattdessen sollten die Umweltverbände konkrete Verbesserungen der Nachhaltigkeitsregelungen vorschlagen.
Im Gegensatz zur Biokraftstoff-Herstellung bestehen zur Produktion von Grundstoffen für Nahrungsmittel, Futtermittel und Kosmetika keine Vorgaben zur Nachhaltigkeit, obwohl rund 95% der Flächen zum Anbau für Exportgüter (auch in sensiblen Regionen wie Brasilien) für diese Erzeugnisse genutzt werden.