Ethanol kann in Reinform (E100) oder als "Mischkraftstoff" mit einem Anteil an fossilem Ottokraftstoff (z. B. E85) zum Einsatz kommen. Dabei muss jedoch berücksichtigt werden, dass es aufgrund seiner polaren Hydroxylgruppe reaktionsfreudiger ist als Kohlenwasserstoffe. Manche Kunststoffe quellen bei Kontakt mit Ethanol stark auf, auch Farbanstriche sind damit nicht immer verträglich. Dies erfordert in Fahrzeugen und in der Logistikkette den Einsatz geeigneter Schläuche und Dichtungen. Ethanolhaltige Kraftstoffe wirken zudem - bedingt durch den höheren Wassergehalt - korrodierend auf Metalle.
Motoren für reinen Ethanol
Ethanol als Reinkraftstoff (E100) kann nicht für den Betrieb von konventionellen Motoren verwendet werden; erforderlich sind spezielle Rein-Ethanolmotoren (z. B. Brasilien). Eine breite Anwendung setzt daher eine entsprechende Verbreitung dieses Motorentyps sowie ein eigenes Vertriebssystem für diesen Kraftstoff voraus.
"Flexible Fuel Vehicles" (FFV)
Eine weitere Möglichkeit Ethanol als Kraftstoff zu nutzen, bieten die so genannten "Flexible Fuel Vehicles" (FFV), die sowohl stark ethanolhaltigen Kraftstoff mit bis zu 85 %Vol. Ethanol (E85) wie auch konventionellen, fossilen Ottokraftstoff verwenden können. Zwar ermöglicht dieses Konzept eine höhere Flexibilität, aber auch hier sind technische Modifikationen der Motoren wie auch der Aufbau einer eigenen Kraftstoff-Infrastruktur erforderlich. FFV werden in größerer Zahl in den USA, Brasilien und Schweden eingesetzt.
Ethanol-tauglichen Pkw-Modelle bieten derzeit in Deutschland nur wenige Automobilhersteller an.