Für Fahrzeuge mit serienmäßigem Partikelfilter liegen keine Freigaben zum Betrieb mit Biodiesel vor. Das in manchen Fahrzeugen (Peugeot, teilweise VW) eingespritzte Additiv für das Freibrennen des Filters kann eine verstärkte Oxidation des Biodiesels verursachen. In Fahrzeugen ohne Additivzugabe führt Biodiesel beim Abbrennen zu höheren Temperaturen, deren Auswirkungen auf die Abgasanlage noch nicht vollständig geprüft sind. Des Weiteren kommt es, bei der Verwendung von Biodiesel, durch die zum Abbrennen eingespritzte Kraftstoffmenge zu einer deutlichen Verdünnung des Motoröls.
Nachrüste Partikelfilter: HJS, TWINTEC, Vitkus, K.A.T., Remus, Oberland-Mangold, Eberspächer, G+M Katalysator-Technik sowie Sebring haben ihre Nachrüstfilter für Biodiesel nach DIN EN 14214 freigegeben. Die Freigabe gilt jedoch nur für Fahrzeuge, die vom Fahrzeughersteller bereits eine entsprechende Freigabe für den Betrieb mit Biodiesel erhalten haben!
Bei markenspezifischen Nachrüst-Partikelfiltern ist die Freigabe über die Vertragswerkstatt bzw. über den Fahrzeughersteller zu erfragen.